El instituto fue creado en 1985 por el profesor José María López Piñero, catedrático de Historia de la Medicina de la Universitat de València y su primer director, con el nombre de Instituto de Estudios Históricos y Documentales sobre la Ciencia. Contaba con la Biblioteca y Museo Histórico-médicos, y el Centro de Documentación e Información en Biomedicina -dirigido por la catedrática de Documentación María Luz Terrada Ferrandis-. Los objetivos del centro eran el estudio de la actividad científica española e iberoamericana desde la antigüedad, el estudio de los sistemas médicos, la elaboración de repertorios bibliográficos y documentales, la obtención de indicadores de la actividad científica y sanitaria, la creación de bases de datos (entre ellas el IME, índice médico Español), el desarrollo de sistemas de información médica, el estudio de la terminología científica y el estudio de las necesidades de información científica y médica.

En 2008 el instituto fue reestructurado, concentrando la actividad investigadora en la historia de la medicina y de la ciencia, integrando la Biblioteca histórico-médica Vicente Peset Llorca y el nuevo Museo de Historia de la Medicina y de la Ciencia (actualmente en fase de organización), y adoptando la actual denominación. El objetivo de la remodelación fue dotar al centro de un nuevo proyecto e identidad científica. Esta reestructuración coincidió con el traslado del centro a la actual sede en el recientemente rehabilitado Palacio Cerveró, edificio histórico propiedad de la Universitat de València.

Los antecedentes del instituto fueron el Instituto de Historia de la Medicina, creado por el profesor López Piñero en los años 70 bajo el amparo de la Institución Alfons el Magnànim de la Diputación de Valencia, el Seminario de Historia de la Medicina y la Cátedra de Historia de la Medicina de la Universitat de Valéncia, que fueron el germen del actual instituto.