Este archivo reúne una parte del inmenso trabajo realizado por el médico e investigador José Rodrigo Pertegás (1854-1927) en diversos archivos de la ciudad de Valencia, de donde se dedicó a extractar y copiar documentación de carácter muy variado y todo tipo de noticia que hiciera referencia a la medicina (datos biográficos, biobliográficos, epidemias, aspectos sanitarios, profesionales y relativos al ejercicio médico en Valencia, etc.). De este modo, contiene información historicomédica procedente tanto de archivos perfectamente accesibles en la actualidad, como el Archivo del Reino o el Municipal, como archivos hoy desaparecidos, como es el caso de los archivos parroquiales.
- Archivo Rodrigo Pertegás. Siglos XI - XV (ISBN: 84-370-5437-0) (2002)
- Archivo Rodrigo Pertegás. Siglo XVI (ISBN: 84-370-5252-1) (2001)
- Archivo Rodrigo Pertegás. Siglo XVII-XVIII (84-370-5343-9) (2002)
- Archivo Rodrigo Pertegás. Siglo XIX. (ISBN: 84-370-5410-9) (2002)
- Archivo Rodrigo Pertegás. Ros de Ursins, Pere Pintor, Jaume Roig, Faustino Barberá (ISBN: 84-370-5520-2) (2002)
- Archivo Rodrigo Pertegás. Epidemias. (ISBN: 84-370-5682-9) (2003)
- Archivo Rodrigo Pertegás. Varios (ISBN: 84-370-5743-4) (2003)
- Archivo Rodrigo Pertegás. Manuscritos médicos valencianos (ISBN: 84-370-5776-0) (2003)